Filho de D. Afonso de Noronha, 5º Vice-Rei da Índia e de D. Maria de Eça e consequentemente neto dos 1ºs Condes de Alcoutim, nasceu no século XVI.
A sua mãe, quando em 1548, o marido teve que se deslocar a Lisboa ficou como capitoa y gobernadora de la cibdaa (Ceuta), que o marido governava.
Serviu com seu pai em África e acompanhou-o à Índia onde em 1551 recebeu o comando da esquadra do Estreito, tendo derrotado o almirante turco Ali Schebuly.
Regressando com o pai a Portugal e devido às acções desempenhadas, é nomeado pela Rainha D. Catarina, então governando na menoridade do neto, D. Sebastião, Governador de Ceuta por apresentação de seu primo, D. Miguel de Meneses, 4ºMarquês de Vila Real e 3º Conde de Alcoutim.
[Igreja de S. Domoingos, Lisboa]
Regressando a Portugal e falecendo foi sepultado no Mosteiro de S. Domingos de Lisboa.
Foi Senhor das vilas de Maceira e Serem, Comendador de Rio Torto e de Olalhas na Ordem de Cristo.
Casou com D. Maria de Vilhena, filha de Manuel Teles de Meneses, 6º Senhor de Unhão e de D. Margarida de Vilhena.
Enviuvando faz um segundo casamento com D. Antónia de Mendoça Coutinho, filha de Manuel de Melo Coutinho, Comendador de Torrados, na Ordem de Cristo, Veador (*) da Casa da Princesa D. Maria, mulher de El-Rei D. Filipe II e de D. Maria de Mendoça, filho de Jorge de Melo, Monteiro-mor do Reino.
D. Antónia de Mendoça que comprou e ornou a sepultura de seu marido ingressou como freira no Mosteiro da Esperança, de Lisboa.
Não houve geração de ambos os casamentos.
D. Fernando de Noronha é por vezes designado por D. Fernando de Meneses.
(*) Ant. Monteiro, caçador (Dicionário Prático Ilustrado)-Dir. de Jaime de Séguier, Lello & Irmão – Editores, Porto, 1972.
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História Genealógica da Casa Real Portuguesa, António Caetano de Sousa, Edição QuidNovi/Público – Academia Portuguesa da História, 2007, Vol V
História de Portugália (Uma história de Portugal no Feminino), Manuel Dias Duarte, Editor Ausência, 2004.
Anais de Arzila, Damião de Góis